AppCleaner to program, który umożliwia odinstalowywanie i usunięcie aplikacji wraz z wszystkimi plikami i katalogami, które zostały przez nią stworzone. Przy zwykłym usunięciu programu do kosza, wszystkie te dodatkowe pliki i katalogi pozostają w systemie zajmując miejsce i tworząc bałagan.

Aplikacja umożliwia usuwanie programów poprzez przeciągniecie ich do okna programu, bądź poprzez wybranie z listy. Oprócz programów, możemy usunąć także widżety oraz inne dodatki (np. preferencje systemowe).

Program umożliwia także ochronę wybranych aplikacji przed ich przypadkowym usunięciem przez któregoś z użytkowników komputera.